Por meio do Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas (Ipec), a Fiocruz integra duas grandes iniciativas internacionais sobre HIV/Aids: o Grupo de Ensaios Clínicos de Aids (ACTG), que visa definir padrões de tratamento da infecção pelo HIV e de doenças oportunistas, e a Rede de Ensaios de Prevenção do HIV (HPTN), que estuda segurança e eficácia de intervenções para impedir a transmissão do HIV.
Em outra unidade da Fundação, o Instituto Oswaldo Cruz (IOC), testes de um microbicida contra o vírus da Aids são alvo de uma parceria com o Reino Unido aprovada pela Fundação Bill e Melinda Gates. Hanseníase, gripe aviária e doença de Chagas também são temas de parcerias internacionais do IOC. A mesma unidade participa de estudos sobre o timo, órgão envolvido em processos imunológicos, que reúnem pesquisadores brasileiros e franceses há mais de 25 anos.