Uma nova atualização dos resultados obtidos pela vigilância sobre as variantes e linhagens do vírus Sars-CoV-2 no Brasil foi divulgada nesta sexta-feira (24/6) pela Rede Genômica Fiocruz. Os dados são relativos ao período que vai de 3 a 16 de junho e são computados rotineiramente na plataforma da Rede com a obtenção de dados da EpiCoV da Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), uma plataforma internacional para compartilhamento de dados genômicos dos vírus de influenza e Sars-CoV-2. Segundo o informe, as linhagens mais frequentes no país são a BA.1, a BA. 1.1 e a BA.2. Outras linhagens que tiveram destaque no período foram a BA. 4, a BA. 5, a BA. 2.12.1 e a XQ (linhagem que em breve deverá ser renomeada XAG segundo revisões recentemente propostas ao sistema de classificação de linhagens Pangolim). Os novos dados mostram como se deu o processo de substituição da linhagem BA.1 pela BA.2, cujo crescimento vinha sendo observado em resultados anteriores divulgados pela Rede Genômica Fiocruz e que em abril e maio foi responsável por mais de 70% dos genomas gerados no Brasil. As linhagens da Ômicron são identificadas por um código iniciado pela sigla BA. Atualmente há mais de 100 linhagens BA no mundo.
O novo informe também mostra que houve 69 casos de reinfecção caracterizados geneticamente, sendo 56 deles associados à variante Ômicron. Os pesquisadores afirmam que casos de reinfecção pelo Sars-CoV-2 podem ocorrer com frequência, especialmente devido à circulação de variantes de preocupação (VOCs).
De acordo com o informe da Rede Genômica Fiocruz, até o fechamento da atualização foram encontradas 105 amostras recombinantes em nove estados (Pará, Pernambuco, Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Goiás e Paraná) e no Distrito Federal. A mais frequente foi a XQ (XAG*), com 79 amostras.
Os novos dados mostram que a Rede Genômica Fiocruz já produziu e enviou, para as vigilâncias e laboratórios estaduais, um total de 724 relatórios, que continham 46.712 genomas. Destes genomas, 45.323 foram depositados na base de dados EpiCoV do Gisaid pelas oito unidades de sequenciamento da Fiocruz e a produção total de genomas depositados pela Fundação desde o inicio da pandemia é de 46.862. Nos últimos 14 dias as unidades da Fiocruz produziram 1.055 genomas.
A produção de genomas é um trabalho feito pelo Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), no Rio de Janeiro, e os laboratórios integrantes da Rede Genômica Fiocruz em outros sete estados (Amazonas, Bahia, Ceará, Minas Gerais, Piauí, Paraná e Pernambuco). Esses oito centros de monitoramento atendem aos 26 estados e ao Distrito Federal.
O relatório reforça a importância da colaboração da vigilância genômica em nível nacional. A Rede Genômica Fiocruz mantém parcerias com várias instituições, cada qual dando a sua contribuição. Entre essas atividades estão a triagem de amostras positivas para Sars-CoV-2 para sequenciamento e envio a laboratórios de sequenciamento da Rede, a elaboração de análises de vigilância epidemiológica e a realização do sequenciamento genômico. Os pesquisadores lembram que a Rede Genômica Fiocruz está disponível para a colaboração de novos parceiros (que podem entrar em contato pelo e-mail genomahcov@fiocruz.br).
Os pesquisadores ressaltam que esse monitoramento de vigilância é possível devido à parceria e à colaboração dos Laboratórios Estaduais de Saúde Pública (Lacens) e da Coordenação-Geral de Laboratórios do Ministério da Saúde (CGLAB). A plataforma Gisaid de depósitos de genomas da OMS também é responsável por uma importante contribuição para que este depósito se dê em tempo real.
A amostragem utilizada pela Rede Genômica Fiocruz em apoio à rede nacional de vigilância de vírus respiratórios está baseada em dois pilares fundamentais. Um deles é a amostragem representativa dos casos positivos para Sars-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real realizados em cada unidade da Federação. Outro são as amostras de eventos inusitados identificados pelas vigilâncias locais. Ambos os tipo de amostragem resultam em sequenciamento e análise do genoma das amostras encaminhadas.
Até o momento já foram caracterizadas 1.917 linhagens de Sars-CoV-2, mas apenas uma parcela delas tiveram e têm impacto significativo verificado na saúde pública no decorrer da pandemia. Este impacto se dá devido a características como maior capacidade de transmissão e infecção, maior capacidade de escape de anticorpos ou uma combinação destas, características que podem estar presentes em outras linhagens e variantes e que, assim que detectadas, devem ser monitoradas com maior cautela e prioridade.
As linhagens atualmente reconhecidas como variantes de preocupação pela OMS estão disponíveis no site da Rede Genômica. Confira a relação completa de todas as instituições que integram a Rede Genômica Fiocruz, que reúne especialistas de todas as unidades da Fundação no Brasil e também de institutos parceiros.