Agência Fiocruz de Notícias

A Rede Genômica Fiocruz divulgou novos dados a respeito das linhagens e variantes do vírus Sars-CoV-2 no Brasil. Os dados são computados semanalmente na plataforma da Rede com a obtenção de dados da plataforma EpiCoV do GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), uma plataforma internacional para compartilhamento de dados genômicos dos vírus de Influenza e Sars-CoV-2. Os dados se referem ao período de 15 de abril a 5 de maio. Os resultados mostram que as recombinantes Ômicron BA.1 e BA.2 (XE, XQ) e as recombinantes Ômicron e Delta (XS e XF) foram reportadas no Brasil. Segundo os dados da Rede Genômica Fiocruz, as mais frequentes são a BA.1.1,  a BA.1.14,  a BA.1 e a BA.1.15. Os pesquisadores ressaltam que a pandemia ainda não acabou e que a vigilância genômica em todo o país deve continuar atuando de maneira homogênea, permitindo assim que seja possível detectar variantes emergentes que venham a surgir. Atualmente há cerca de 100 linhagens BA em todo o mundo.

Um ponto importante a ressaltar sobre os eventos de recombinação, segundo os pesquisadores, é que eles ocorrem quando duas linhagens do Sars-CoV-2 infectam o mesmo paciente. Durante o processo de replicação viral pode ocorrer a origem de linhagens híbridas (recombinantes) que podem vir a ser transmitidas à população. Entretanto, discernir entre eventos de recombinação e coinfecção a partir de dados do sequenciamento não é uma tarefa trivial. A Rede Genômica Fiocruz desenvolveu recentemente um software chamado ViralFlow, que produz resultados capazes de auxiliar no discernimento entre recombinação e coinfecção. Por meio do uso desse pipeline, a Rede Genômica Fiocruz criou recomendações para a obtenção de evidencias complementares sobre tais eventos. O pesquisador da Fiocruz Pernambuco Gabriel Wallau, a convite da chefe do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), Marilda Siqueira, apresentou essas recomendações ao grupo técnico de evolução viral da Organização Mundial da Saúde (OMS), ressaltando os desafios e a abordagem que a Rede Genômica Fiocruz vem utilizando para resolver e trazer transparência na divulgação dos resultados sobre esses casos.

De acordo com os pesquisadores, a recombinação viral é um evento raro, mas que já ocorreu algumas vezes na história evolutiva dos coronavírus e, portanto, merece monitoramento intenso. Assim como ocorreu em outros países, observa-se no Brasil uma tendência de aumento de frequência de BA.2, em especial na Região Sul. Os dados divulgados também mostram que a Rede Genômica Fiocruz, até o momento, produziu e enviou para as vigilâncias e laboratórios estaduais 654 relatórios que continham um total de 41.638 genomas. Destes, 40.203 genomas foram depositados na base de dados EpiCoV do GISAID pelas oito unidades de sequenciamento que operam na Fiocruz. Nas últimas três semanas (até 5 de maio), as unidades da Fundação produziram 604 genomas.

Os cientistas da Rede Genômica Fiocruz também participaram da 1ª Mostra Nacional de Experiências da Rede de Laboratórios de Saúde Pública (Expolab), organizada pelo Ministério da Saúde do Brasil e a Organização Pan-Americana da Saúde (Opas), em Brasília. No evento, que contou com a participação da líder técnica da Organização Mundial de Saúde para Covid-19, Maria Van Kerkhove, os pesquisadores da Fiocruz apresentaram a atuação da Rede Genômica no enfrentamento da Covid-19. No dia seguinte, a comitiva da OMS visitou laboratórios da Fiocruz, no Rio de Janeiro.

Em outro ponto, o relatório destaca que a Rede Genômica Fiocruz, originalmente formada para o enfrentamento da pandemia da Covid-19, também atua no monitoramento de outros vírus respiratórios. A vigilância genômica de influenza é feita há anos pelo  Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) e por centros regionais, como o Instituto Adolfo Lutz e o Instituto Evandro Chagas. A produção de genomas por estes centros contribui fortemente para a escolha de cepas vacinais para o Hemisfério Sul.

Todo ano o Brasil precisa informar à OMS as características genéticas e fenotípicas dos vírus influenza detectados no território brasileiro. Para cumprir essa função, os centros nacionais para influenza (os três citados acima) produzem genomas para que os dados sejam avaliados em conjunto para notificação à OMS. De acordo com os dados divulgados no relatório, a produção de genomas depositadas na plataforma EPIFlu GISAID até 9 de maio, pelos três centros,  foi de 768 genomas de influenza, originários de 21 unidades da Federação.

O relatório deixa clara a importância da colaboração da vigilância genômica em todo o país. A Rede Genômica Fiocruz conta com a parceria de várias instituições, que contribuem de diferentes maneiras. Fazem triagem de amostras positivas para Sars-CoV-2 para sequenciamento e envio para algum laboratório de sequenciamento da Rede, elaboram análises de vigilância epidemiológica e realizam o sequenciamento genômico. Os pesquisadores reforçam que a Rede Genômica Ficoruz está disponível para a colaboração de novos parceiros (que podem entrar em contato pelo e-mail genomahcov@fiocruz.br).

Os pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz lembram que todo esse monitoramento de vigilância é possível devido a parceria e colaboração dos Laboratorios Estaduais de Saúde Pública (LACENs) e da Coordenação-Geral de Laboratorios do Ministério da Saúde. Também a plataforma GISAID de depósitos de genomas da OMS contribui muito para que este depósito ocorra em tempo real. 

A amostragem utilizada pela Rede Genômica Fiocruz em apoio à rede nacional de vigilância de vírus respiratórios está baseada em dois pilares fundamentais. Um é a amostragem representativa dos casos positivos para Sars-CoV-2 por teste RT-PCR em tempo real realizados em cada UF. Outro são as amostras de eventos inusitados identificados pelas vigilâncias locais. Há atualmente mais de mil linhagens definidas do vírus Sars-CoV-2, mas apenas 5 foram identificadas como variantes de preocupação, com impacto significativo na saúde pública, devido a características como maior capacidade de transmissão e infecção, maior capacidade de escape de anticorpos ou uma combinação destas.